Nachfolgende Beschreibung der Ausstattung der Klosterkirche, der Kapellen und des Kapitelsaales wurde im Jahr 1738 von einem Aldersbacher Mönch angefertigt. Der in lateinischer Sprache abgefasste Text bietet einen interessanten Zustandsbericht für das genannte Jahr. Einige Informationen sind hier unikal überliefert, so zum Beispiel das Nebenpatrozinium des hl. Bischofs und Aldersbacher Klostergründers Otto von Bamberg am Hauptaltar und am Altar im Kapitelsaal. Bemerkenswert ist zudem die Klassifizierung der Kapelle am Bernhardsberg als Pest-Votivkirche und Wallfahrtsort für die benachbarten Gemeinden. Sie wurde einige Jahre nach einer Pestepidemie während des Dreißigjährigen Krieges erbaut. Interessant ist zudem die Nennung der Anzahl der Glocken in den verschiedenen Türmen und die Aufzählung der Reliquien.

Quelle: "Instructio Ecclesiae Alderspacensis de anno 1738", BayHStA KAAA 31.

Zusammenstellung und Übersetzung: Robert Klugseder.

Altar / Kirche Patrozinium Reliquien
Klosterkirche
Hauptaltar Selige Jungfrau Maria, gefolgt von den hl. Bernhard und Benedikt, mit Johannes Baptist und den Aposteln Petrus und Paulus sowie dem Gründer Bischof Otto von Bamberg. Fünf Silberbüsten, darin folgende Reliquien: Kopf des Papstes und hl. Märtyrers Urban, Kopf der hl. Märtyrerin Eugenia, zwei Köpfe von Gefährtinnen der hl. Märtyrerin Ursula mit etlichen Reliquien der elftausend Jungfrauen. Ein Zahn des hl. Johnannes Baptist und eine große Kreuzreliquie im silbernen Kreuz. Die Reliquien wurden an den betreffenden Festtagen ausgestellt.
Evangelienseite des Langhauses (linke Seite)
1. Seitenaltar Visitatio Mariä (Mariä Heimsuchung), gefolgt von den hl. Joachim und Anna. In diesem Altar verborgen ist ein großer Teil des Hemdes der seligen Jungfrau Maria, das im Auftrag Abt Michael Kirchbergers mit Gold und Edelsteinen verziert und zur öffentlichen Verehrung an allen Marienfesten ausgestellt wurde.
2. Seitenaltar Hl. Märtyrerin Ursula, gefolgt von den hl. Märtyrerinnen Katharina und Barbara. An diesem Altar werden am Gedenktag der Heiligen ihre Armknochen ausgestellt. [Die heute hier in einem Glasschrein ausgestellten Reliquien der römischen hl. Märtyrerin Klara kamen erst unter Abt Paulus Genger (reg. 1734-45) nach Aldersbach.]
3. Seitenaltar Hl. Benedikt, gefolgt vom hl. Märtyrer Johannes Nepomuk.  
4. Seitenaltar Hl. Schutzengel, gefolgt vom hl. Bekenner Rochus.  
5. Seitenaltar Hl. Maria Magdalena, Schülerin des Herrn.  
Epistelseite des Langhauses (rechte Seite)
1. Seitenaltar Hl. Kreuz, gefolgt von der schmerzhaften Mutter Maria, die die heilige Kreuzigung Jesu Christi bezeugt, ferner der Protomärtyrer Stephanus, der hl. Märtyrer Laurentius und der hl. Joseph, Ehemann der seligen Jungfrau Maria. In diesem Altar verborgen ist ein kleiner Kreuzpartikel, der an den Festen der Auffindung und Kreuzerhöhung zur öffentlichen Verehrung und zum Kuss [Küssen] ausgestellt wurde.
2. Seitenaltar Hl. Johannes Baptist, gefolgt von den hl. Märtyrern Petrus von Castelnau (OCist), Georg und Florian. In diesem Altar wird der Körper des hl. Märtyrers Felizianus in kostbar verzierter Kleidung aufbewahrt. [Abt Malachias NIederhofer (reg. 1669-83) ließ diese Reliquien aus Rom heranbringen.]
3. Seitenaltar Hl. drei Könige Kaspar, Melchior und Balthasar, gefolgt von der Märtyrerin und Jungfrau Agnes und dem hl. Antonius von Padua. [Die heute hier in einem Glasschrein ausgestellten Reliquien des römischen Märtyrers Valerius kamen erst zum 600jährigen Klosterjubiläum 1746 nach Aldersbach.]
4. Seitenaltar Hl. Bernhard von Clairvaux, gefolgt vom hl. Märtyrer Sebastian. In dem Altar wird ein bemerkenswerter Teil des Kopfes des hl. Sebastian aufbewahrt und jeweils am 20. Januar zur öffentlichen Verehrung ausgestellt.
5. Seitenaltar Hl. Jungfrau und Wundertäterin Walburga.  
Hinter dem Hauptaltar und dem Chor
Mittelaltar Sakramentsaltar [heute in der Portenkirche].  
1. Seitenaltar Hl. Benedikt.  
2. Seitenaltar Hl. Bernhard.  
Außerhalb der Kirche
Altar des Kapitelsaales Selige Jungfrau Maria, Johannes Baptist, hl. Märtyrerin Ursula, hl. Bischof und Klostergründer Otto von Bamberg , die Ordensheiligen Benedikt und Bernhard.  
Altar des Krankenhauses Mariä Himmelfahrt.  
Portenkapelle Märiä Verkündigung und Himmelfahrt, gefolgt von den hl. Johannes Evangelist und dem hl. Bekenner Leonhard. [Die heutige Portenkapelle wurde erst 1767 erbaut].
Orgeln In der Klosterkirche befinden sich drei Orgeln, wobei zwei kleinere für die Wochentage an den Seitenemporen des Chores aufgestellt sind, die größere dritte Orgel auf der hohen Empore am Ende des Kirchenschiffes.  
Chor der Mönche Der Chor der Mönche befindet sich vor den Stufen zum Presbyterium und wird durch ein Eisengitter [Eisenhürde] und einen Vorhang vom Kirchenschiff abgetrennt.  
Kirchturm Im Kirchturm befanden sich vier Glocken, dessen erste 54 Zentner wiegt.  
Chorreiter Im kleinen Turm am Chor befanden sich zwei Glocken.  
Portenkapelle Im Turm der Portenkapelle befanden sich zwei Glocken. [Vorgängerbau der heutigen Portenkapelle]
Pfarrkirche St. Peter
Die Kirche für die Klosterangestellten und Bauern (damals mehr als 400 Pfarrangehörige) besaß drei Altäre, eine Taufkapelle und einen Friedhof, für die Seelsorge waren Mönchspriester des Klosters verantwortlich. Die Kirche wurde laut der Klosterjahrbücher im Jahr 872 unter Kaiser Ludwig II. erbaut und vom Passauer Bischof Engelmar geweiht. Sie ist somit mehr als 200 Jahre älter als das Kloster.
Kapelle auf dem Bernhardsberg
Auf dem sich südlich an das Kloster anschließenden Berg (der heute umgangssprachlich Bernhardsberg genannt wird), befindet sich eine aus Holz gebaute Kapelle mit drei Altären. Der Hauptaltar ist mit einer sehr gut ausgeführten Darstellung der seligen Jungfrau und des hl. Bernhards ausgestattet. Laut der Tradition wurde die Kapelle vor mehr als hundert Jahren [1638] in Pestzeiten gestiftet und gebaut und von den umliegenden Pfarreien wegen der dort erfahrenen Gnaden häufig besucht.
Kapelle in Weng
Eine halbe Stunde westlich vom Kloster befand sich in flachen Feldern und Wiesen die Marienkapelle in Weng.