Die Klostergebäude, wie sie heute zu sehen sind, entstanden seit dem Beginn des 18. Jahrhunderts. Die Arbeiten nahmen unter Abt Engelbert Vischer (reg. 1683-1705) mit dem Bau des Südosttraktes (Dormitorium) ihren Anfang. Abt Theobald I. Grad (reg. 1705-34) erbaute den Osttrakt mit Kapitelhaus, Sakristei, Winterchor und weiteren Mönchszellen, ließ von ca. 1718-1720 die Klosterkirche und in den folgenden Jahren die Abtei (heute Pfarrhof) und den Westflügel (Gästehaus mit Sälen, darunter der neue Weinkeller) neu erbauen. Auch der Südtrakt mit Refektorium und "neuer" Bibliothek ist das Werk dieses Abtes. Seinem Nachfolger Abt Paulus Genzger (reg. 1734-45) oblag es, verschiedene Wirtschaftsbauten (Brauhaus, Stampf- und Sägemühle, Pfisterei, Kastnerei und Gerberei) in den Jahren 1734-1736 neu erbauen oder instandsetzen zu lassen (u.a. mit dem Baumeister Joseph Wolf von Stadtamhof). Die Ausstattung der Prälatur und der Fest- und Speisesäle mit Fresken und Stuckaturen, der Klosterkirche mit weiteren Einrichtungsgegenständen (u.a. Kanzel, Chorgestühl und Orgel) sowie die Neugestaltung der Westfassade der Kirche und des Turms erfolgten unter Theobald II. (1745-79). Reitwinkler ließ um 1760 zudem die Bibliothek mit einem neuen Schrankwerk und Freskomalerei ausstatten.
Ein wichtiges Detail zur Baugeschichte des barocken Klostergebäudes liefert ein kurzer Bericht zur Grundsteinlegung des Südosttraktes (Dormitorium und u.a. Rekreationssaal), den Abt Vischer für Dienstag, 11. Mai 1700
in sein Tagebuch eintrug:
Den
.11. huius wurde der Erststain gelegt zu dem Closster Pau. Dise Solemnitet
hat verrichtet Herr
Guillelmus Praelat zu Gotteszell. Den anderen hat gelegt Herr Baro Notthafft
Pfleger zu
Mattikhofen etc. den 3ten legte Herr Goder von Walxing. Hospites praesentes
erant. P. Guardian mit
ainem Socio von Vilßhofen. Herr Mauttner, Preüverwalter, Gerichtsschreiber
von Vilßhofen. Pfahrer
von Uttigkhofen. Hannß Georg Moser. Carlon. Schikhler.
Die feierliche Zeremonie der Grundsteinlegung zelebrierte Abt Wilhelm I. Pertl des Tochterklosters Gotteszell,
der den ersten Stein legte. Baron Franz Joseph Freiherr Nothaft von Weißenstein, Pfleger von Mattighofen, legte den zweiten und Johannes Bernhard Goder von Kriestorf auf Walchsing den dritten. Als Gäste waren anwesend
P. Guardian und ein Mitbruder aus dem Kapuzinerkloster Vilshofen, Hans Wolfgang Kretzlinger, Mautner (Zöllner), Gregor Reisacher, Brauverwalter und Johann Gallus Emblinger, Gerichtsschreiber von Vilshofen, Johann
Wolfgang Gregg, Pfarrer von Uttigkofen, Hans Georg Moser, Herr Schickler und der Baumeister Carlo Antonio Carlone.
Abt Vischer beauftrage den Architekten Carlo Antonio Carlone mit dem Neu- bzw. Umbau der östlichen Klostertrakte. Die Vorgeschichte und der Verlauf der Bauarbeiten lassen sich anhand eines umfangreichen Briefwechsels zwischen den Aldersbacher Äbten und der kurfürstlichen bzw. kaiserlichen Administration in München nachvollziehen. Das Kloster nahm ein staatliches Kirchenbaudarlehen auf, um die umfangreichen Bauarbeiten finanziell schultern zu können. Abt Engelbert adressierte seine Schreiben an den bayerischen Kurfürsten Maximilian II. Emanuel. Für die Zeit zwischen 1703 und Anfang 1706 sind allerdings keine Briefe erhalten. Das Fehlen lässt sich auch durch die politischen Rahmenbedingungen erklären: Während des Spanischen Erbfolgekrieges (1701-14) unterlagen die französischen und bayerischen Truppen in der Schlacht bei Höchstädt (1704) den Alliierten unter Führung der Habsburger. Der Kurfürst flüchtete nach Belgien, Bayern wurde von 1705-15 unter kaiserliche Administration gestellt. Die repressiven Methoden der Belagerer, die zu einer Verarmung der Bevölkerung und in der Folge zu Hungersnöten führte, mündeten bekanntlich in der Bayerischen Volkserhebung der Jahre 1705 und 1706. Man kann davon ausgehen, dass zu dieser Zeit die Bauarbeiten nur eingeschränkt fortgesetzt werden konnten. Auch Vischers Nachfolger Abt Theobald I. Grad erwies sich als talentierter Wirtschafter und Bauherr. Er konnte nicht nur die Erneuerung des Konvents abschließen, sondern auch die Neugestaltung der Klosterkirche in Angriff nehmen. Theobalds Schreiben in Bausachen an die Administration in München waren nun jedoch an den Habsburgerkaiser Joseph I. und, nach dessen Tod im Jahr 1711, an Kaiser Karl VI. adressiert.
Die Klostergebäude liegen an der Südseite der Kirche um einen rechteckigen Kreuzgang. An der Südecke des Ostflügels springt gegen Osten ein langer Trakt vor, an den Westflügel schließt sich nördlich, über die Kirchenfassade vorspringend, die Abtei an, südlich die Brauerei. Sämtliche Trakte sind dreigeschossig, in der Fassadenbildung gleichmäßig behandelt. Die Gliederung beschränkt sich auf einfache Fensterumrahmung mit Ohren und Geschoßbänder. Der Westflügel des Konventes und der Abteitrakt haben im Erdgeschoß offene rundbogige Arkadengänge gegen den äußeren Klosterhof zu.
Der größte Teil der Klostergebäude befand sich seit November 1812 im Besitz der Familie von Aretin, die die Räumlichkeiten unter dem Namen "Schloss Aldersbach" als Landsitz nutzten. Die Konventgebäude dienten in den Obergeschossen später bis zum 2. Weltkrieg hauptsächlich Wohnzwecken für die in der Brauerei und im Gutshof beschäftigten Leute. In den Räumlichkeiten des Erdgeschosses befanden sich Büros, Werkstätten und Lagerräume. Während des 2. Weltkrieges wurde der überwiegende Teil des Klosters als Kriegsgefangenenlager genutzt. Nach Ende des Krieges waren im gesamten Klosterbereich Flüchtlinge untergebracht. Mit dem Wirtschaftsaufschwung in den 50er Jahren zogen diese dann nach und nach aus, so dass die Gebäude leerstanden und zusehends dem Verfall preisgegeben waren.
Nachdem bereits in früheren Jahren immer wieder Versuche zur Rettung des Hauses scheiterten, bahnten sich seit 1977 mehrere Möglichkeiten an. Eine "Akademie für Denkmalpflege" einzurichten war ebenso ernsthaft im Gespräch wie der Ausbau für museale Zwecke. Weiterhin gab es Verhandlungen mit einem weltweiten Industrieunternehmen, welches in Aldersbach eine Aus- und Weiterbildungsstätte errichten wollte. Seit dem Jahre 1981 versuchte man, einen "Kulturkreis Kloster Aldersbach" ins Leben zu rufen. Als sich dann die konkrete Ausicht abzeichnete, dass das Kloster wieder von Mönchen aus dem Zisterzienserorden besiedelt werden könnte, wurde am 11. Februar 1983 der "Förderkreis Kloster Aldersbach e. V" etabliert.
Durch die Gründung des Förderkreises auf Initiative des damaligen Bürgermeisters Josef Kiermaier und der Schenkung der Gebäude durch die Familie von Aretin konnte die Sanierung der ehemaligen Klostergebäude in Angriff genommen werden. Am 2. Mai 1983 startete man mit den Sanierungs- und Entrümplungsarbeiten, die mit viel Eigeninitiative und Hilfe des Staates, aber auch vieler anderer Zuschussgeber durchgeführt werden konnten. 1986 fand in den Räumlichkeiten die bedeutende Ausstellung zum 300. Todestag von Cosmas Damian Asam statt. Am 16. September 1987 konnte die sog. "Bildungsstätte Kloster Aldersbach" eröffnet werden. Das Haus wurde fortan mit 20 Doppel- und zwei Einzelzimmer sowie mit drei Vortragssälen für Fortbildungskurse des Arbeitsamtes, für Schulungen, Einkehr- und Studientage genutzt. Der Versuch, die Klostergebäude wieder mit mönchischem Leben zu erfüllen, scheiterte allerdings.
Nach einer erneuten Sanierung und Modernisierung wird die ehemalige Bildungsstätte heute als Hotel und Restaurant betrieben ("das asam").
Die südlichen Gebäudeteile ab dem "Bräustüberltrakt" (ehemaliges Klostergästehaus, Refektorium und Küche, ehemaliges Brauhaus und Brauerei) sind seit 2021 Eigentum der Gemeinde Aldersbach. Zuvor wurden Teile des ehemaligen Gäste- und Brauhauses für die Landesausstellung "Bier in Bayern" (2016) saniert, um diese Räume als Ausstellungsflächen nutzen zu können. 2021 eröffnete hier ein dauerhaftes "Biermuseum". Im ersten Halbjahr 2023 wurden von der Gemeinde Aldersbach weitere Räumlichkeiten über dem Bräustüberl saniert und als Ausstellungsräume ausgestattet.
Als Grundlage für die Beschreibung der Konventbauten diente die diesbzgl. Publikation von Felix Mader in den "Kunstdenkmälern von Niederbayern" (Bd. 14, Bezirksamt Vilshofen, München 1920). Die Inhalte wurden, wenn notwendig, aktualisiert und korrigiert. Die Informationen zur Geschichte der Konventbauten nach der Säkularisation gehen auf den Artikel "Das Zisterzienserkloster Aldersbach" von Hubert Kalhammer zurück (in: Robert Klugseder: 850 Jahre Zisterzienserkloster Aldersbach, Vilshofen 1996, 23-25".