Im ersten Obergeschoß des Nordflügels befanden sich die Wohnräume des Abtes (jetzt Pfarrhof).
Ein Zimmer mit zwei Fensterachsen, die Decke schmücken schöne Rokokostuckaturen. In der Mitte ein Stuckrelief aus der Apostelgeschichte 10, 13: Petrus sieht das Tuch mit den reinen und unreinen Tieren herabschweben ( occide et manduca). Die Umrahmung des Deckenspiegels zeigt Mittelmedaillons, die die die vier Jahreszeiten darstellen. Weitere Allegorien befinden sich in den Eckmedaillons: Orgel, Bäume usw.

Im sog. "Roten Salon" (Saal) an der Nordwestecke, mit drei zu zwei Fensterachsen. Die Decke ist reich und geschmackvoll stuckiert. Die Stuckaturen wurden offensichtlich 1746 oder 1747 ausgeführt. Damals arbeitete der Stuckateur Johann Baptist Modler aus Kößlarn in Aldersbach, wie aus einem Baumanuale des Klosters Fürstenzell hervorgeht. Von ihm stammt jedenfalls nicht nur die Saaldecke, sondern auch die Decke des vorausgehenden Zimmers. Die Mitte der Decke nimmt ein stuckiertes Medaillon ein: An einem Studiertisch sitzt ein Zisterzienser, daneben ein Bienenkorb. Die vier Mittelmedaillons der Umrahmung stellen die vier Jahreszeiten mit landschaftlichen Szenerien dar. Der Dekor verwendet barock empfundenes Muschelwerk mit Drachen und Schwänen, auch Springbrunnen. An der Südwestecke Portal zur anstoßenden Privatkapelle des Abtes mit Stuckumrahmung. In der Bekrönung das Auge Gottes: DEUS OMNIA VIDET (Gott sieht alles) und zwei Putten.

In dem Saal ist ein Renaissance-Schrank mit dem Wappen des Abtes Engelbert Vischer (reg. 1683-1705) erhalten, der diesen vermutlich restaurieren und um einen barocken Aufsatz mit dem Wappenschild erweitern lies. Darauf zu lesen ist die Jahreszahl "1559", die auf die Regierungszeit von Abt Bartholomäus Madauer verweist und vermutlich das Herstellungsjahr des Schrankes angibt. Laut Rechnungsbuch des Klosters für dieses Jahr wird ein "Kasten" von einem Passauer Schreinermeister für 20 Gulden angekauft. Die Türen des Untergeschosses beleben rundbogige Felder, mit Rustika umrahmt, in denselben Groteskenintarsien. Das Obergeschoss gliedern ionische Pilaster. Die Türen beleben wieder Grotesken in Einlegearbeit. Die barocke Bekrönung ist durchbrochen geschnitzt; in der Mitte die Wappenkartusche, flankiert von Sirenen, deren Fischschwänze in Laubwerk auslaufen. Der Meister verwendete verschiedene Holzarten.

Die Kapelle an der Südwestecke des Traktes ist ein kleiner quadratischer Kapellraum mit Kreuzgewölbe. Die Ausschmückung wurde ausschließlich dem Maler überlassen. Die Malereien stammen wie die in der Sakristei und in der Sakramentskapelle sicher von Johann Jakob Zeiler, der 1746 die Gemälde in Fürstenzell vollendet hatte. Von Fürstenzell her wurde er nach Aldersbach berufen. Am Gewölbe ist die hl. Dreifaltigkeit mit Engeln dargestellt, umrahmt von Muschelwerk in blaugrauen und gelbbraunen Tönen. An der Ostwand ist eine Türe imitiert, darüber Aufsatz mit Putten, die Weihrauchfass und Schiffchen halten. Die übrigen Wände zeigen neben den Fenstern Vasenmotive, gelb auf blaugrauem Hintergrund. Die Malerei ist dekorativ sehr wirksam. Die dreiteilige Türe an der Nordseite ist geschweift geschlossen. Sie hat zum Teil Glasfüllungen. Die Holzteile sind mit Intarsien geschmückt. Der Altar ist nicht erhalten.

Im Vorraum ist heute der ehemalige "Registratur-Kasten" des Abtes aufgestellt. Die Registratur war ursprünglich ein separater Raum in der Prälatur, in dem man einen Teil des Klostersarchivs mit aktuellen Dokumenten verwahrte. Der schwarz gefasste und barock verzierte Schrank dürfte um das Jahr 1700 hergestellt worden sein. Auf diesem Schrank steht heute ein Portraitgemälde des Abtes Theobald II. Reitwinkler (reg. 1745-79). Auf dem vergoldeten Rahmen sind die Wappen des Klosters und des Abtes zu erkennen.

Im zweiten Obergeschoß befanden sich Gastzimmer. Hier zwei Zimmer mit stuckierten Decken. 1. In der Mitte Sonne. Den Deckenspiegel umrahmt Muschelwerk mit Eck- und Mittelkartuschen. Die Eckkartuschen springen obeliskenförmig vor. – 2. Ecksaal. Die Stuckierung ist nächstverwandt mit den Stuckaturen einiger Zimmer der neuen Residenz in Passau, die Modler um 1768 ausführte. Das vom Gesims ausgehende Rocaillewerk greift tief in den Deckenspiegel ein, wie in mehreren Zimmern der Passauer Residenz. Mit dem Muschelwerk verbinden sich kleine Blumen- und Strauchmotive.

Die Fenster des Erdgeschosses gegen Norden haben Eisengitter mit je einer formenreichen Blume. – Den Stiegenaufgang schließt ein gutes Spätrokokogitter.

Die Prälatur bzw. der Pfarrhof wurde in den Jahren 1993-1996 generalsaniert.