Der Bibliotheksaal liegt über dem Refektorium. Das exakte Baudatum dieses Klostertraktes ist unbekannt, es ist jedoch in das Abbatiat von Theobald I. Grad (reg. 1705-34) zu datieren. Der Augustinerchorherr und Chronist Eusebius Amort berichtet im Parnassus Boicus (1736), dass Abt Theobald I. den neuen Bibliotheksaal mit ziehrlichen Kästen und vielen Büchern ausstatten ließ. Eine Aldersbacher Archivalie aus dem Jahr 1738 beschreibt dieses damals neu hergestellte Schrankwerk aus Eichenholz detaillierter. Danach bestand es aus drei Ebenen und ruhte auf 18 Säulen. Die beiden oberen Ebenen waren durch vier Treppen zugänglich. Im Saal waren zudem zwei mathematische Globen aufgestellt.

P. Johann Lackner aus dem Kloster Niederaltaich berichtet in seiner Trauerrede zu Abt Theobald II. Reitwinklers Begräbnis im Jahr 1779 vom "Büchersaal, welchen Er mit fröhlichen Unkosten gebauet, und mit kostbaresten Büchern reichlich versehen hat ". Theobald II. ließ den Saal zwar nicht neu erbauen, aber mit einem neuen Schrankwerk und den Decken- und Wandfresken ausstatten. Der Künstler des Deckenfreskos, Matthäus Günther, datiert sein Werk mit dem Jahr 1760.

Das auf drei Seiten aufgestellte neue Hauptschrankwerk bestand aus vier Ebenen. Die Hauptgalerie wurde von sechs geschnitzten Figuren und sechs Säulen gestützt, die zweite und dritte Galerie von je sechs einfacheren Säulen. Als Abschluss der obersten Galerie waren sechs Figuren von „Kindeln“ (Engeln?) und sechs Vasen angebracht. In der Mitte des Raumes befand sich ein verzierter Schrank aus edlem Holz mit zwölf Türen und einem Schreibpult. Der Handschriftenbestand war in vier separaten Bücherstellen untergebracht, die mit aufwändig geschnitztem Laubwerk verziert waren. Das vermutlich von Joseph Deutschmann geschaffene Aldersbacher Schrankwerk ist nicht erhalten. Den letzten Hinweis auf das Vorhandensein in Aldersbach liefert eine Schätzung des Wertes für den geplanten Verkauf im Jahr 1808.

Der Bibliotheksaal ist ein hoher Raum, der die beiden Obergeschosse umfasst, mit Spiegeldecke und fünf Fensterachsen. Die Fenster durchlaufen die beiden Geschosse. Die Decke nimmt ein Fresko ein, das vom "besten Asamschüler " Matthäus Günther signiert wurde. Das in weichen, duftigen Tönen gemalte Bild zeigt im Mittelpunkt die hl. Dreifaltigkeit in perspektivischer Kuppelarchitektur. Ringsum reihen sich Gruppen, welche die geistlichen und weltlichen Wissenschaften darstellen. Östlich scharen sich um den Parnass die Musen als Vertreterinnen der profanen Wissenschaften und Künste, westlich um die Ecclesia Vertreter der Theologie. Südlich sieht man die christlichen Vertreter der Naturwissenschaften, nördlich erscheinen die Vertreter der christlichen Mystik.

*Im Mittelpunkt steht die Heiligste Dreifaltigkeit. Von ihr geht der Lichtstrahl zu einem Spiegel, den die „Ecclesia“ (eine die Kirche darstellende Frau) hält. Von hier setzt sich der Strahl fort zu Bernhard von Clairvaux, der im Kampf gegen die Häretiker Blitze schleudert. Bernhard vertrat die mystische Theologie. Neben Bernhard sind die ersten Äbte von Citeaux zu erkennen: Robert von Molesme, Alberich und Stephan Harding. Der im Buch lesende Zisterzienser ist Anselm von Heisterbach. Unter den Häretikern befinden sich Abälard, Arnold von Brescia und Gilbert von Porreta. Im Westteil des Deckenfreskos geht der Strahl vom Heiligen Geist über den Spiegel zur Darstellung der heiligen Eucharistie und zum Kirchenlehrer Thomas von Aquin als Vertreter der spekulativen Theologie. Neben Thomas stehen unter anderem folgende Heilige: Augustinus, Benedikt, Bonaventura, Ignatius von Loyola, Bruno, Otto von Freising, Joachim von Fiore, Ivo von Chartres, Laurentius von Brindisi, Gerhoch von Reichersberg, Anselm von Canterbury, Petrus Damiani und Johannes Duns Scotus. Auf der Ostseite schreitet Pallas Athene mit den Geleitpersonen Philosophie und Historie auf den Parnass, wo Apollo mit einer Lyra wartet. Auf dem Gipfel lässt Pegasus als Vertreter der Dichtkunst durch seinen Hufschlag die Quelle Hippukrene entspringen. Vor dem Musenberg befinden sich die Allegorien der septem artes liberales (Sieben freien Künste): Malerei, Bildhauerei, Architektur, Musik, Geometrie, Astronomie und Arithmetik. Im Süden erkennt man Albertus Magnus mit Vertretern der Naturwissenschaften: In der Mitte in antiker Kleidung und mit zwei Globen Anatolius, der Begründer der Schule für aristotelische Philosophie in Alexandria. Beda Venerabilis für die Astronomie, der Mönch Theophilus als Patron der Bildhauer mit einer Skulptur. Dann der antike Philosoph und Mathematiker Archimedes mit Fernrohr und Himmelsglobus. Der Mönch und Historiker Einhart und der Musikgelehrte Guido von Arezzo. Rechts betreten die beiden Ärztebrüder und Märtyrer Cosmas und Damian in orientalischer Tracht die Bühne. Als Attribute tragen sie Heilkräuter und Tiegel für Medizin und Pharmazie* (* Autor der Detailbeschreibung: † Pfarrer Willibald Hauer).

Die Klosterbibliothek soll um das Jahr 1750 20.000 und bei der Säkularisation 1803 an die 30.000 Bände umfasst haben, nachweisen lassen sich allerdings nur rund 16.000 Bücher: Etwa 300 mittelalterliche Handschriften, 718 Inkunabeln und rund 5000 weitere Drucke kamen 1803 an die Hofbibliothek in München, weitere Drucke gingen an die Provinzialbibliothek Straubing (2043) und die Universitätsbibliothek Landshut (2118). Rund 6000 Bücher wurden als Altpapier verkauft.

Der Saal war zur Zeit Felix Maders als Kapelle eingerichtet. Der damals hier aufgestellte Altar ist eine Barockschöpfung aus der Mitte des 17. Jahrhunderts. Zwei Säulen tragen den hohen Aufzug, den ein Segmentgiebel schließt. Seitenfiguren St. Peter und Paul aus der Rokokozeit. Die übrigen Figuren waren neueren Datums. Der Altar stammt aus Walchsing. Holzfigur St. Joseph, das Jesuskind mit beiden Armen tragend. Spätrokokoschöpfung. H. 1,50 m. Der Verbleib des Ausstattung ist unbekannt. Heute wird der Bibliothekssaal als Veranstaltungs­räumlichkeit (Konzerte, Vorträge, Hochzeiten etc.) genutzt.

Das Deckenfresko wurde 1970 (zum Brauereijubiläum), 1985 und für die Landesausstellung 2016 saniert bzw. renoviert.