Die vier Flügel sind mit gratigen Kreuzgewölben überwölbt. Über die Grate ziehen sich stuckierte Leisten, im Scheitel jedes Joches eine stuckierte Rosette. Die Fenster sind rundbogig. An den Ostflügel schließt sich der Kapitelsaal an. Er springt mäßig über den Flügel nach Osten aus. Der rechteckige Raum hat drei Joche; Tonne mit Stichkappen, mit Rahmenwerk stuckiert. Der Altar ist nicht erhalten.
Im Kreuzgang sind folgende Gedenk- bzw. Grabplatten erhalten. Im Südflügel: 1. Unbekannter Klosterrichter aus dem späten 17. Jahrhundert. Rotmarmorplatte, oben das Wappen, darunter die nicht mehr lesbare Inschrift in Lorbeerkranz (Höhe: 1,30 m). – 2. Anna Elisabeth, Ehefrau des Hofrichters Johann Joachim Habenthal, 1. Dezember 1657. Unter der Inschrift Ehewappen, roter Marmor (Höhe: 1 m). – 3. Alram von Rottau, Stifter der "Rottauerkapelle " außerhalb des Kapitelsaals, † 1345, mit Familienwappen. Dieser Stein aus rotem Marmor ist, wie viele mittelalterliche Gedenk- und Grabplatten aus Aldersbach, eine Kopie einer älteren Vorlage und vermutlich zu Beginn des 17. Jahrhunderts entstanden. – 4. Klosterrichter Dr. Sebastian Frueauf, † 1555, Roter Marmor. Unter der teilweise zerstörten Inschrift das Wappen (Höhe: 1 m). Eine Gedenkplatte für die Töchter Frueaufs befand sich früher an der Friedhofskirche St. Peter. – 5. Ähnlicher abgetretener Stein der gleichen Zeit mit kleinem Ehewappen, Inschrift nicht mehr lesbar.
Im Nordflügel: 6. Rotmarmorplatte mit Wappen der Rottauer, 13. Jahrhundert, ohne Inschrift (Höhe: 1,90 m, Breite: 0,90 m). – 7. Graf Gebhard von Hirschberg, schenkte dem Kloster im Jahre 1292 das Patronatsrecht auf die Pfarrei Taja (in Niederösterreich, wurde später gegen Egglham getauscht). Unter der Inschrift das Wappen der Hirschberger in Rundblende. Die Steinkopie aus rotem Marmor gehört ebenfalls der Frühzeit des 17. Jahrhunderts an (Höhe: 1,40 m). – 8. Baron Dietmar von Ayst (Aistersheim in Oberösterreich) mit Wappen, † 1304 (Höhe: 2 m, Breite 0,85 m). – 9. Dietrich und Agnes Penzhauser, † 1362, mit dem Familienwappen, roter Marmor (Höhe: 1,90 m). – 10. Wilhelm Waller zu Wildthurn († 1422) und seine Voreltern, unter der Inschrift das Wappen, roter Marmor (Höhe: 1,90 m). – 11. Gerhard Schauer von Mettenhausen († um 1344), roter Marmor (Höhe: 1,40 m). – 12. Gedenkplatte für die in der Rottauerkapelle bestatteten Familienmitglieder (17. Jahrhundert). Kalksteinplatte, oben bescheidenes Flachornament (zur Zeit nicht im Kreuzgang zu sehen).
Im Ostflügel: 13. Rotmarmorgrabplatte mit Umschrift in gotischen Majuskeln: ANNO . DNI . M . CCC° . XLI . AN . SAND . SIXTEN . TAG . STARB . DER . STRENG . RITTER. HERR - ALBRECHT . CLOSNER . ZV . ARNSTORF . [HIE BEGRABEN VND SEIN BRVDER] . HERR . ULRICH . VO . CLOSN . DEN . GOT . GENAD. Im Feld Konturenbildnis des Ritters mit Fahne († 1341, Höhe: 2,5 m, Breite: 1,40 m). – 14. Ritter Heinrich Tuschl von Söldenau, der das Kloster freizügig beschenkte, mit Wappen, roter Marmor (Höhe: 1,9 m).
